As faturas e demais documentos fiscalmente relevantes devem ser processados por programas informáticos de faturação certificados; este será o meio mais usual. Prevê-se que a Autoridade Tributária disponibilize uma aplicação de faturação para todos os agentes económicos (atualmente tal só e possível para sujeitos passivos pessoas singulares).

As faturas e demais documentos fiscalmente relevantes podem também ser emitidas por outros meios eletrónicos, nomeadamente máquinas registadoras, terminais eletrónicos ou balanças eletrónicas, ao abrigo de procedimentos de simplificação legalmente previstos. Continua ainda a ser possível a utilização de documentos pré-impressos em tipografia autorizada, sendo este meio de processamento de documentos residual.